Il existe de nombreux interfaces graphique pour Linux dont les deux principaux sont Gnome (très présent aux USA) et KDE (très présent en Europe). Le choix de l'interface a une forte influence sur celui des logiciels, puisqu'une bonne ergonomie consiste à avoir des interfaces utilisateurs homogènes d'une application à l'autre. La plupart des logiciels fonctionnent dans les deux environnements, mais ils sont souvent mieux intégrés dans l'un ou dans l'autre. Gnome est soutenu par Novell qui maîtrise de nombreux éléments après le rachat de Ximian dont par exemple le courrier électronique (Evolution) et le navigateur (Galeon). KDE est soutenu par plusieurs entreprises de tailles moyennes en Europe (dont SuSe racheté par Novell) et maintenant par Apple qui a choisi Konqueror comme base de son navigateur.

Pour compléter cette brève description de la situation, deux logiciels importants ne sont intégrés ni à Gnome, ni à KDE et ont leur propre ergonomie (exemples : boites de dialogue, d'impression), ce sont : OpenOffice et Mozilla.
- OpenOffice, suite bureautique, issue de Star Office qui est soutenue par Sun
- Mozilla, suite internet (navigateur, email, éditeur HTML), issue de Netscape qui est soutenue par AOL - Time Warner et qui vient de signer un accord avec Microsoft.

Remarques :
- Bien-sûr, pour chaque utilisation, il existe de très nombreuses autres applications vous permettant de faire votre propre choix.
- L'existence d'un même logiciel sous les environnements Linux et Windows permet une transition progressive et des environnements mixes au sein d'une même organisation.
- Pour une bonne compréhension des règles d'utilisation des logiciels libres de type GNU/GPL voir notre FAQ logiciels
- Si vous prévoyez une migration de vos PC vers Linux, voici une étude complète proposée par IBM, un professionnel des services en informatique. (Document au format pdf de 268 pages, en anglais)